Las inflorescencias de la manzanilla medicinal son la materia prima. Para fines medicinales, las flores deben recolectarse sin pedicelos (en tiempo seco) durante la floración. Se recolectan principalmente al inicio de la floración, cuando las flores blancas y liguladas se disponen horizontalmente en cestas; de lo contrario, si las cestas se recogen con retraso, se desmoronan durante el secado y el producto pierde su aspecto comercial.

Como se mencionó, la recolección de las cestas se realiza en tiempo seco y soleado, ya que las cestas recolectadas con niebla o después de la lluvia no se secan bien y su color se oscurece. Posteriormente, la materia prima recolectada debe extenderse en una capa fina (de hasta 5 cm de grosor) y secarse en un lugar abierto y ventilado.

También se puede secar en techos, bajo techos, en áticos y en secaderos a una temperatura que no supere los 400 °C. Durante el secado, no se permite voltear las cestas, ya que las flores podrían caerse. La materia prima se seca en aproximadamente 5-7 días. También cabe señalar que la vida útil de la materia prima es de un año.